新葡的京生物SURFSeq测序技术凭借其优异的甲基化测序性能，已经被广泛地应用于肿瘤早筛、药物研发、表观遗传学机理研究等领域。
但目前主流的甲基化文库制备技术，如BS-Seq、EM-Seq等的核心思路，是将检测区域内未甲基化的C（占比超95%）转化为T，间接推断5mC/5hmC信息，这导致DNA四碱基中的C几乎消失，大大降低了文库分子之间的可区分度，进而让甲基化测序的数据质量和利用率（比对率、冗余率、变异检测性能等）相比常规文库表现欠佳。
Watchmaker Genomics公司最新推出的TAPS Plus[1]甲基化文库制备技术可将5mC/5hmC转化为T，几乎保留了文库分子的天然状态，让SURFSeq测序技术的甲基化测序性能充分释放，实现数据质量和有效率的进一步提升，“SURFSeq +TAPS Plus”为用户提供全新的甲基化测序“金标准”。
本次测试基于SURFSeq 5000平台使用HG001标准品（1ng、10ng和 200ng三种起始量），对TAPS Plus和其他几种常用的甲基化文库制备方法进行系统比较，全面评估各方法的建库性能与测序数据表现。
02 测试结果
芯片通量全利用，数据质量更优异
TAPS Plus技术方案构建出的甲基化文库测序数据Raw GC均值为41%，接近常规WGS文库，碱基复杂度好，测序无需添加平衡文库，芯片通量全利用；Raw Q30>96%，质量更优异。
图1.Raw GC、Raw Q30 表现
样本损伤消耗小，珍贵样本不浪费
以1ng起始量为例，TAPS Plus技术方案转化效率＞97%+，Unique Map%＞90%+，且数据冗余度显著更低，cfDNA、FFPE样本也能高效适配。
图2. Positive Control CpG Methylation 、Unique Mapped和Duplicate表现
位点覆盖更全面，甲基化与突变共解析
TAPS Plus技术方案对全基因组CpG位点的覆盖度达99%以上，显著优于 BS-seq和EM-seq（约93%～95%）。以Chr11为例，TAPS Plus覆盖了99.7%的CpG位点，且三种技术路线的位点覆盖一致性超95%。
图3. CpG Coverage、Comparsion of CpG methylation site coverage on chromosome 11 by TAPS Plus, BS-seq, and EM-Seq 和 ＞95% of methylated CpG sites are shared across TAPS Plus、BS-seq and EM-seq 表现
TAPS Plus技术方案的转化假阳性率低至0.30%，SNV F1 Score＞94%+，从单个文库中同步获取甲基化+变异信息，一次实验满足多模态分析需求。
图4. False Positive Rates _ CHH Methylation (CHH%) 和SNV F1 Score表现
03 总 结
SURFSeq +TAPS Plus甲基化测序技术方案 ：
1. 甲基化（5mC/5hmC）+ 基因组变异（SNV、InDel、SV、CNV）共解析；
2. 高测序质量（Q30>95%）、高数据有效率（unique map>90%）、高位点覆盖能力（GpG>99%）；
3. 低样本起始量（1ng）、低冗余度、低假阳性（<0.3%）；
整体解决方案应用检测：
*根据应用场景估算得出的样本个数，仅供参考，用户可根据实际需求调整
新葡的京生物联合Watchmaker Genomics发布的“SURFSeq+TAPS Plus甲基化测序整体解决方案”，以 “低起始、高精准、多模态、快交付” 为核心，打通从建库到测序的全流程闭环。
如需了解整体解决方案、开展项目合作，或申请Demo数据，欢迎联系新葡的京生物，可拨打400-822-3660热线电话咨询。
TAPS Plus产品来自Watchmaker Genomics，技术及采购咨询请联系其中国代表梁先生：13693619015 | Haitao.liang@watchmakergenomics.cn。
参考文献：
[1]. Liu, Y., et al. (2019). "Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution." Nature Biotechnology 37(4): 424-429.