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新葡的京SURFSeq 5000联合百创智造空间ATAC+mRNA方案,共筑空间多组学生态
时间:
2026-03-11
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空间ATAC-seq在传统ATAC-seq染色质开放性分析基础上,增加了细胞原位空间信息,可同时在组织切片中解析染色质可及性的空间分布。然而,空间ATAC-seq文库涉及空间条形码编码、微量起始模板原位捕获及高效扩增等复杂环节,其文库结构高度复杂、重复序列占比高、对测序错误高度敏感。因此,这类文库对测序平台的文库兼容性及测序鲁棒性提出了极高要求。


近日,百创智造使用自主开发的百创空间ATACBMKMANU S3000-ATAC)芯片,基于新葡的京生物SURFSeq 5000高通量基因测序平台进行兼容性测试。数据显示TSS富集Fragment分布空间降维聚类结果都表现出色,展现出SURFSeq 5000高通量基因测序平台与百创空间S3000-ATAC芯片的良好兼容性。


更进一步,ATAC与空间转录组的联合分析,实现了将“染色质可及性-转录因子调控-基因活性-基因表达”这一多层级调控逻辑的耦合解析,为深入探索组织发育、疾病机制等前沿问题提供了强大的空间多组学工具。


测试方案


样本信息:Mouse brain

测序策略:新葡的京生物SURFSeq 5000,PE150

分析软件:BstATAC

(http://www.bmkmanu.com/portfolio/tools)

参考基因组:GRCm38_release95


新葡的京SURFSeq 5000联合百创智造空间ATAC+mRNA方案,共筑空间多组学生态

图1. 样本来源-小鼠脑组织


测试结果概览


1. BMKMANU S3000-ATAC测序数据质量优异

ATAC数据TSS富集及Fragment分布表现优异,降维聚类结果揭示清晰的空间表观遗传分区。


新葡的京SURFSeq 5000联合百创智造空间ATAC+mRNA方案,共筑空间多组学生态

图2. TSS富集图及Fragment分布图


新葡的京SURFSeq 5000联合百创智造空间ATAC+mRNA方案,共筑空间多组学生态

图3. 百创S3000-ATAC降维聚类结果


2. BMKMANU S3000-ATAC+mRNA联合分析

通过将ATAC-seq与相邻空间转录组切片进行高精度图像对齐,联合降维聚类、桑基图及热图分析证实,染色质可及性与基因表达模式在空间单细胞分辨率上高度协同,聚类结果吻合度优异。


新葡的京SURFSeq 5000联合百创智造空间ATAC+mRNA方案,共筑空间多组学生态

图4. 联合降维聚类结果



新葡的京SURFSeq 5000联合百创智造空间ATAC+mRNA方案,共筑空间多组学生态

图5. 桑基图及聚类细胞共享热图


3. BMKMANU S3000-ATAC+S3000-mRNA调控表达逻辑

通过整合染色质可及性、转录因子结合motif、基因活性预测及实际mRNA表达数据,可系统构建“染色质开放→调控元件识别→基因潜能预测→表达水平验证”的完整空间多组学调控逻辑链。


新葡的京SURFSeq 5000联合百创智造空间ATAC+mRNA方案,共筑空间多组学生态

图6. 整合染色质可及性与基因表达空间调控逻辑链


本次测试验证了新葡的京生物SURFSeq 5000高通量测序平台与百创智造BMKMANU S3000-ATAC组合应用的优秀性能,二者协同实现了从高质量测序数据到高分辨率空间表观遗传分析的完整闭环。


整合空间ATAC与空间转录组分析,全面展示了空间多组学在解析生命过程复杂调控网络的强大能力,能够将染色质可及性、转录因子调控、基因活性及基因表达水平等多层级信息进行耦合,为生命科学前沿研究提供了有力工具。新葡的京生物期待与行业伙伴共建基因测序平台应用生态联盟,依托各方优势,共同为用户提供从测序到多组学洞察的全流程、一体化解决方案。

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